A história do Crea-DF inicia-se no momento em que o Brasil empreendia a construção da nova capital no seio do Planalto Central.

Durante a construção de Brasília, de 1956 a 1960, até 1961, a região do atual Distrito Federal era jurisdição do Crea 5ª Região, com sede no Rio de Janeiro. Em abril de 1961, a Resolução nº 129 do Confea instituiu, em regime transitório, o então Conselho Regional de Engenharia e Arquitetura da 12ª Região, que abrangia o Distrito Federal e o Estado de Goiás, com sede em Brasília.

A primeira sessão ordinária do novo Conselho ocorreu em 30 de junho de 1961, no auditório da Escola Parque de Brasília, ocasião em que se concretizou a instalação do Regional e a posse de conselheiros e do primeiro presidente do Crea 12ª Região, Inácio de Lima Ferreira. A aprovação da organização definitiva desse Crea se deu por meio da Resolução nº 152 do Confea, de setembro de 1966.

A solenidade de instalação do Crea 12ª Região foi presidida pelo então presidente do Conselho Federal de Engenharia, Arquitetura e Agronomia (Confea), engenheiro civil José Hermógenes Tolentino de Carvalho, que, à época, proferiu o seguinte discurso:

"Este ato abre nova perspectiva para a efetiva fiscalização do exercício das profissões regulamentadas de engenheiro, arquiteto e correlatos na nova Região. O presidente e os conselheiros aqui empossados assumem perante os presentes e perante toda a sociedade a responsabilidade de fazer com que as leis regulamentadoras da profissão tenham força".

Já a segunda Sessão Ordinária do Crea 12ª Região aconteceu na sala de reuniões da Assessoria de Planejamento da Prefeitura do Distrito Federal, na Esplanada dos Ministérios, ocasião em que outros conselheiros tomaram posse.
 
Sem uma sede própria, o novo Conselho Regional passou a se reunir alternadamente em Brasília e em Goiânia, sendo que, em Brasília, as reuniões passaram a ser realizadas no Departamento de Estradas e Rodagem do Distrito Federal (DER-DF).

A primeira sede do Crea 12ª Região foi adquirida na Zona Sul de Brasília, Quadra 302, em 1967, quando as reuniões passaram a acontecer no local.
 
Em 1981, o Crea-DF passa a funcionar na atual sede, também na zona sul da cidade, localizada no SGAS Quadra 901, Conjunto "D" - Asa Sul, em Brasília-DF.
 
Em outubro de 1967, mediante a publicação da Resolução nº 164, o Crea 12ª Região foi desmembrado e instituiu-se, em regime transitório, o Crea 15ª Região, com jurisdição no Estado de Goiás, ficando, assim, apenas o Distrito Federal sob jurisdição do Crea 12ª Região.

A Resolução nº 170, de 29 de agosto de 1968, instituiu em definitivo o Conselho Regional de Engenharia, Arquitetura e Agronomia do Estado de Goiás e, por consequência, o Conselho Regional de Engenharia, Arquitetura e Agronomia do Distrito Federal.